赶到现场时，正赶上雷电将军即将收走托马的神之眼，旅行者抢过神之眼与将军大人对峙，却在下一瞬进入了一个与世隔绝的空间，出现在面前的是与现实中雷电将军一样模样的雷之神。
雷神一刀劈过，再回到现实世界时，旅行者已然晕倒。关键时刻，托马解开了双手束绳，带着旅行者仓皇逃出仪式，两人被全境通缉。
事到如今，社奉行也不安全，旅行者和派蒙前往边陲岛屿海祇岛寻找另一个反抗眼狩令的组织，不同于三奉行的珊瑚宫反抗军。珊瑚宫人们的祖先最早在地下城市渊下宫居住，信仰的神是魔神奥罗巴斯，后来奥罗巴斯带人们来到地上生活，他自己因为入侵稻妻的其它岛屿被雷神一刀斩杀，雷神没有追究民众的责任，人们在海祇岛上建了珊瑚宫，生活至今。现在，为了表达对眼狩令的抗议，他们再次举起反抗大旗。路上，旅行者正好救下了被围困的反抗军士兵哲平，跟着他来到反抗军大本营。之后在哲平带着旅行者了解营地时，稻妻幕府军队发起了进攻，哲平和旅行者一起前往前线。
战场上杀声震天，幕府军增援了正面战场，反抗军暂居下风，幸好反抗军首领珊瑚宫心海及时现身，带来了援军，北斗和万叶居然也以雇佣兵的身份参与其中。战机已失，幕府军暂时撤退。
这一战后，旅行者跟随心海前往珊瑚宫议事，并被授予海祇岛特别行动队队长职位，此外，心海提到有不愿意表露身份的资助方送来了大量物资。之后，旅行者和派蒙处理了一些任务，与此同时哲平的职位也在快速上升。
心海收到报告，反抗军中部分军士出现了诡异的老化症状，询问过后得知，原来他们使用了资助方给的“秘密武器”，旅行者认出这是愚人众的邪眼，使用力量会透支使用者的生命。旅行者和派蒙突然想起这段时间异常活跃的哲平，前往寻找哲平，果然他也使用了邪眼的力量，如今已经异常苍老。曾经热情洋溢的伙伴现在却白发苍苍，旅行者愤然找上心海收到的情报里的邪眼生产工厂，居然在工厂内发现了大量晶化骨髓，原来晶化骨髓里有奥罗巴斯的祟神怨念，勘定奉行找万国商会索要的晶化骨髓居然是给愚人众制造邪眼的！而工厂深处，出现在两人面前的是愚人众执行官第六席-散兵。眼狩令是愚人众暗中促成的，目的是借机推广邪眼，散兵表示人命如同草芥一般，旅行者怒火攻心，被祟神怨念影响，晕了过去。
等旅行者再睁开眼，出现在面前的是雷神的眷属-八重神子，神子说道稻妻的雷电将军其实只是雷神舍弃身体制作的人偶，只会不顾一切追求永恒，而真正的雷神叫影，为了追求永恒，保持自我，一直在一心净土中进行着无穷无尽冥想。肉身终会归于尘土，就由人偶之身来替代。精神亦难逃磨损，影便将意识寄宿于佩刀之中，用冥想来规避一切纷扰。
神子不认为永恒等于静止，影的永恒只是自己的永恒而已，她给了旅行者一个御守，希望旅行者进入一心净土后呼唤她，击败影，拯救眼狩令、拯救国家、拯救影。
眼狩令的颁布与发行都是天领奉行掌权，而勘定奉行又在给愚人众收集晶化骨髓，三奉行中两大奉行都与愚人众勾结，事实摆在面前，天领奉行-九条家家主的说法居然是天领奉行没有被愚人众利用，相反，天领奉行得到了愚人众给的好处，而愚人众的所作所为不过是小事，雷神一刀就能解决愚人众。天领奉行大将-九条裟罗无法赞同家主观点，闯了雷电将军所在地天守阁。旅行者落后一步，赶到时，九条裟罗已经晕了过去，而出现在旅行者和派蒙面前的，除了雷电将军，居然还有愚人众女士。想必当初在离岛勾结勘定奉行的那位趾高气扬的人就是她。旅行者目前身为稻妻通缉犯，雷电将军永恒中的不稳定因素，来到天守阁简直是自投罗网，但是与女士的新仇旧恨还没有算，于是，旅行者利用稻妻的规则，向女士发起了御前决斗！
最后旅行者胜了，雷电将军毫不在意女士的威胁和恐吓，一刀劈了她。女士死了。雷电将军表示认同旅行者作为胜者的荣耀，允许旅行者站着离开天守阁。天守阁外，珊瑚宫反抗军趁着天领奉行内部混乱，攻到了这里，万叶也在其中。旅行者踏出天守阁的一瞬，雷电将军突然而至，以其武艺的极致无想的一刀要为稻妻的永恒排除旅行者这个不稳定因素。
“总会有地上的生灵，敢于直面雷霆的威光。”
万叶一直随身带着的那枚挚友的神之眼突然亮了，与万叶的神之眼一同，为旅行者挡下了这一刀。反抗军发起进攻，旅行者一剑刺向雷电将军，重新进入了真正雷神所在之处-意念世界一心净土。御守将八重神子也带来了这里，最终旅行者集结人们的愿望击败了雷之神，这些愿望照亮了一心净土晦暗的天空。
影讲述了自己的过往，以及对永恒执念的起源：雷神本是双生魔神，一位是大家最常看到的、位列七神的前任雷神巴尔，又名真，另一位则是幕后的影武者，醉心战斗的巴尔泽布，又名影。五百年前坎瑞亚战争毁天灭地，真也死在了那场战争里。前进伴随着失去，在不断地前行中，雷电影失去了一个又一个好友，最后，连雷电真都失去了，从此，她接过稻妻，踏上了追寻不灭不移的永恒之路。只不过双生魔神长相酷似，所以很少有人知道神明已更迭。
如今，人民的愿望最终叩开了雷电影封闭的心扉，她废除了眼狩令，在一心净土之外，她在世人的眼中同样见到了永恒。有些愿望足以拂去伤痛，带来胜机，唤起希望。有些愿望，即便拥有它的人已然身陨，魂归高天，却依旧一如诞生时的模样，真挚而炽热，直至永恒。
风波暂时平息，这次终于没让愚人众抢走神之心，谁料八重神子却道，神之心她当初拿给散兵用来换旅行者的命了……更让人惊讶的是，散兵也是雷电影创造出的人偶，不过，只是凭空创造的试做品，因为做出的散兵有感情，所以影不认为这个人偶可以担负起维系永恒的重任。在散兵之后，影才将身体锻成了如今大家眼中淡漠威严的秩序执行者-雷电将军。至于下一站，八重神子道，去往须弥应该会比较便利。
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