吉尔露太是一个疯狂的收藏家，热衷于收藏各种稀少的精灵，甚至幻想着收藏“海之神”——洛基亚。
为了满足自己的收藏欲望，吉尔露太计划将三圣鸟全部抓捕，从而引出洛奇亚。
吉尔露太拥有一个庞大的飞行宫殿，装备有人工智能的操作系统，和能够抓捕传说精灵的高科技武器。
吉尔露太利用飞行宫殿上的高科技武器,成功捕捉到了火焰鸟。
全世界范围内的天气异变，正是因此而起。
然而，他却还不满足，打算继续抓捕闪电鸟。
在抓捕闪电鸟的过程中，意外连同附近的小智一行人以及火箭队三人组，一起抓走。
沉浸于自己世界的吉尔露太，对于这些“意外来客”不以为意,反而让他们自由活动,尽情参观自己的“收藏品”。
让吉尔露太没想到的是，正是因为这些“意外来客”，让他的计划出现了变故……
——
由于天气异变，正朝榴柑岛赶去的小智一行人，在海上遭遇了风暴，误打误撞，流落到了一座名为亚西亚岛的岛屿。
在当地的庆典活动中，小智被庆典圣女芙芦拉，推举成传说中的“指挥者”。
通过芙芦拉，小智一行人得知了解决天气异变的方法。
那就是从三圣鸟栖息的三座岛屿中，得到各自的宝珠。
将三种宝珠带到祭坛，由芙芦拉奏响音乐，即可将事件平息。
小智一行人在获得火焰鸟的宝珠后，来到了雷之岛，被正在抓捕雷电鸟的吉尔露太,一同抓走。
——
小枫乘坐着化石翼龙,以极快的速度赶往亚西亚岛。
在途中，小枫发现了许多野生的精灵,都在朝亚西亚岛的方向移动
海面上随处可见的水系精灵，空中更是有密密麻麻的飞行系精灵。
剩下不能渡海和飞行的精灵，则聚在离亚西亚西附近的陆地上，远远眺望着某个方向，仿佛在祈祷些什么。
“连野生精灵都想去拯救世界，我也不能落后呀……”
小枫看着周围的飞行系精灵，不禁感慨道。
“加油呀，化石翼龙，我们马上就要到了！”
化石翼龙煽动翅膀，爆发出更快的速度，从这些飞行系精灵的身边掠过，朝目的地赶去。
随着时间的推移，小枫距离亚西亚岛越来越近……
——
小智一行人在飞行宫殿中，趁着吉尔露太不备，联合火箭队三人组，成功解救出了关押的火焰鸟和闪电鸟。
本以为天气异变会因此而平息，没想到火焰鸟和闪电鸟被解救出来后，异常的愤怒,反而与突然出现的急冻鸟打了起来。
三圣鸟的攻击,把飞艇直接击沉,被迫降落在雷之岛。
在雷之岛上,小智成功找到了闪电鸟的宝珠，并通过一股神秘的水流，与其他人回到了亚西亚岛。
在亚西亚岛的附近，三只传说精灵展开了激烈的火拼，场面极其混乱，甚至波及到了小智一行人。
眼见，三圣鸟的攻击就要命中小智。
一道巨大的水柱，破开冰层，冲天而起，将三圣鸟的攻击挡下。
从巨大水柱中，露出了一只银白色，体型巨大的精灵。
这只银白色的精灵，正是海之神——洛奇亚。
“海之神，洛奇亚，我一定要收藏你！”
吉尔露太拿起望远镜，眺望远方，仔细欣赏着洛奇亚的身姿，眼里充斥着兴奋与狂热，忍不住开口说道。
“摩鲁蛾，使用催眠粉！”
一股粉末飘洒在了吉尔露太的身上，打断了他的幻想，让其直接昏睡过去。
“所有的事情，都是你这个家伙搞出来的吧？”
看着眼前呼呼大睡的幕后黑手，小枫恨不得给他几拳。
小智这个时候才想起来，给小枫做介绍。
“小建和芙芦拉，他叫小枫，跟我一样来自真新镇，是个很厉害的训练家。”
给小枫简单介绍了两人的身份后，小智也不忘对两人说道。
“嗯，你们好！”
小枫点了点头，向小建和芙芦拉打招呼道。
“你好，我是小建，你的摩鲁蛾，发育得实在太好了，能让我观察一下吗？”
小建在摩鲁蛾身边转了几圈，双眼放光，对小枫说道。
“额，有空再说……”
眼看众人越聊越兴起，身旁的小霞连忙说道:
“喂，我说你们，现在可不是叙旧的时候，赶快想办法阻止三圣鸟吧！”
“啊，对，还有三圣鸟！”
经过小霞提醒，小智才想起正事来，惊呼道。
“可是……洛奇亚都三圣鸟打败了，我们要怎么阻止它们呢？”
小智回想起被三圣鸟击败的洛奇亚，不禁说道。
“这个嘛……”
小智的这个问题，明显把小霞问住了，一时间，她也想不出办法来。
正当，小智一行人陷入沉默，不知所措的时候，一道陌生的声音从身后传来，对众人说道:
“只有让一位出色的指挥者，去将三个宝珠集齐，放在祭坛上，才能够平息诸神的愤怒。”
众人转过身来，发现是一只双足站立，脖子上围有橘白色雨伞，脑袋上顶着尖刺螺旋海螺的粉红精灵。
“呆呆王？”
小枫喊出了眼前这只精灵的名字。
对于这只会说话的呆呆王，小枫饶有兴致，不由仔细打量。
不知道为什么，小枫总觉得这只呆呆王不对劲。
“优秀的指挥者？”
相对于会说话的呆呆兽本身，芙芦拉显然更关注“指挥者”这三个字眼，连忙说道。
“就是已经得到两个宝珠的那个人……”
呆呆王把目光投向了小智，意思不言而喻。
“等一下，你说的难道是……小智？”
见此，小霞已经明白了呆呆王说的“指挥者”是谁，不由惊呼道。
“事到如今，只有这个办法了！”
小建接过小霞的话，赞同道。
“我？就我？”
小智这个时候才反应过来，知道众人说的是谁，难以置信，用手指了指自己。
“皮卡丘～”
皮卡丘朝小智点了点头，肯定道。
“等一下，我想成为精灵大师，但是要我拯救世界的话……”
对于这个突然落在他肩上的重任，小智显然十分犹豫。
“我知道这不是小事……”
“但是符合条件的，就只有小智了。”
“……”
此前一直默不作声的小枫，听完他们说的话，见周围的人和精灵都在鼓动小智去冒险，似乎一点都不担心小智的安危，不禁皱了皱眉头，实在有些忍不住，便开口说道:
“那个，我说……除了要收集宝珠，就没有别的办法能制止三圣鸟吗？”
“已经没有其它办法了……”
呆呆兽看了小枫一眼，摇了摇头，一脸遗憾的说道。
“就算打败三圣鸟也不能……”
不等小枫把话说完，就被人打断。
“你开什么玩笑，洛奇亚都已经被三圣鸟击败了，怎么可能将三圣鸟打败？”
似乎是觉得小枫刚来，还不了解情况，芙芦拉语气有些不善，质疑道。
“既然洛奇亚都办不到的事，小智就能办到吗？难道他比洛奇亚还强？”
面对芙芦拉的质疑，小枫倒是不以为然，而是接着她的话，对众人说道。
“这……”
听到小枫说的话，芙芦洛顿时哑口无言。
“小智，拯救世界并不是你一个人的事，在这个世界上，强大的训练家有很多，别的不说，科拿就在橘子群岛……当然，如果你一定要去的话，我也会支持你！”
小枫拍了拍小智的肩膀，对他说道。
既说出了自己的观点，也表达了对他的支持。
“小枫……”
见此，小智不由有些感动，知道其是在为自己说话。
正当场面陷入僵局的时候，芙芦拉仿佛想起了什么，从身上拿出一个陶笛，放在嘴边，吹奏了起来。
“呜呜～”
悠长的笛声响起，回荡在空中，甚至透过冰层，传入了海底下洛奇亚的耳中。
洛奇亚浑身散发出耀眼的光芒，仿佛身心都得到了治愈，焕发出新的活力，止住下落的颓势，翅膀一振，朝上方冲去。
“咔嚓～”
海面颤抖了起来，冰层逐渐碎裂，一道巨大的水柱包裹着洛奇亚，冲天而起，出现在小枫几人的身前。
“感谢你的笛声，但是只凭借笛声无法安抚三只精灵，必须要三个宝珠与笛声配合，才能消除它们的愤怒。”
洛奇亚先是对芙芦拉表示了感谢，然后，接着对众人说道。
“能完成这件事的，只有优秀的指挥者——人类。”
说着说着，洛奇亚逐渐将自己的目光，投到了小智身上。
“所以说……我就是这个指挥者？”
在洛奇亚的注视下，小智还是有些不敢相信，向洛奇亚确认道。
“没错，你得到了两个宝珠，只剩下最后一个。”
“可是……”
小智下意识看了看，远处还在大战的三圣鸟，忧心忡忡。
想要去冰之岛，找到急冻鸟的宝珠，必须从它们的眼皮底下穿过，非常的危险。
“你正处于距离拯救世界最近的地方。”
“这……”
即使洛奇亚这样说，小智仍然有些迟疑。
“皮卡丘～”
正当小智还在犹豫的时候，皮卡丘扯了扯小智的裤子，对他点了点头，再次鼓励道。
就连小智身上的其余精灵，也自己跑了出来，对他进行鼓励。
在诸多精灵的鼓励下，小智终于下定决心。
“我是个乱来的人，小霞，小建芙芦拉，还有小枫……”
小智低下头来，把手放在了帽子上，往后一转，语气逐渐坚定，对众人说道。
“我要去拯救世界，大干一场！”