农民起义军占领长安城历时二年又四个月，由于没有抓住战机，没有乘胜追击消灭官军有生力量，导致长安城得而复失，农民军遭受重大损失。
黄巢率军撤出关中后，经商山转战河南。883年五月，大将军孟楷率一万人为前锋，进攻蔡州（河南上蔡县、汝南县一带），蔡州节度使秦宗权派兵出城迎战，蔡州战败。
农民军攻打蔡州城，秦宗权为了保存个人势力，就献城投降了黄巢。
秦宗权早年是许州牙将，许州忠武军节度使薛能把他调到蔡州任武将，此后许州大将周岌驱逐了薛能，周岌成为许州留后。
这秦宗权也效仿周岌，带领蔡州军士驱逐了蔡州刺史，他就占据了蔡州。
当周岌被任命为许州节度使后，秦宗权也当上了蔡州刺史。再后来，杨复光上奏朝廷升蔡州为奉国军，以秦宗权为奉国军防御使。
秦宗权投降农民军后，与黄巢合兵东进，共同攻打陈州（周口市淮阳县）。
陈州是历史文化古城，相传太昊伏羲氏是中华民族人文太始祖，是三皇五帝之首，他建立的中华帝国就定都在淮阳陈城，死后葬于淮阳太昊陵。
古淮阳作为羲皇故都，是华夏文明的重要发祥地。千百年来，历代帝王亲临制祭、御制祝文多达71次，文人骚客来此赋诗更是比比皆是。
此时的陈州刺史赵犨（chou）很有预见性，他预测到如果黄巢兵败后，很有可能会经过陈州。因而他提前做了准备，加固城池，囤积粮草，把方圆几十里之内的百姓强行迁到城里。其弟赵昶、赵翊，儿子赵麓、赵林分别带兵守卫陈州。
农民军大将孟楷率军前来，驻扎在南边的项城县，孟楷根本没把陈州放在眼里，过于轻敌。他们还没走到陈州，就遭到了陈州唐军的伏击，前锋部队全军覆没，孟楷也被俘虏，陈州刺史赵犨一不做二不休，直接杀死孟楷。
这孟楷可是黄巢的左膀右臂，是兄弟，他的死对起义军又造成重大损失。
黄巢大怒，发誓要为孟楷报仇，他把所有的人马都调集到溵水一带驻守，下令大军攻城。
陈州刺史赵犨虽然是文人，但对朝廷忠心耿耿，他也不甘示弱，直接与黄巢对抗，还几次派精兵打开城门袭扰黄巢军队，这更加引起黄巢的震怒。黄巢干脆就在陈州的北面建立行营、设立宫室，准备做长久打算。
双方经历了近百次的大小战斗，黄巢的军队在陈州周围挖五道壕沟，陈州仍然久攻不下，但黄巢并没有撤兵的打算。
在此期间，农民军为了扩大影响力、获取军需物资，还派兵袭扰河南府的许州、汝州、唐州、邓州、孟州、郑州、汴州、曹州、濮州、徐州、兖州等几十个州的地方。
唐朝廷收复长安后，各道官军开始撤回，李克用也从长安撤兵回到雁门关。很快，朝廷任命李克用为河东节度使，原河东节度使郑从谠到成都向唐僖宗复命。
883年五月十五日，郑从谠离开晋阳（太原），当时因为长安虽然被收复，但皇上还没有回京城，沿路上强盗还很多，郑从谠走到绛州时，拜见了绛州刺史唐彦谦，并在此留驻数月。直到这年冬天，他才奉诏赶赴成都，又被任命为司空、司徒。郑从谠也是朝廷的忠臣，与郑畋一样传檄征讨黄巢，农民军对他们都很忌惮，被称为“二郑”。（887年，郑从谠被罢为太子太保，回府养病，不久病逝。）
这年八月，李克用到晋阳赴任。朝廷又任命他的父亲、前振武节度使李国昌担任代北节度使，镇守代州。如此一来，李克用父子把持河东地区，地位更加稳固。
朱温因此前已被朝廷任命为宣武军节度使，他也到达宣武军的冶所汴州上任。当时汴州、宋州一带闹饥荒，百姓生活艰难，地方的军队也难以控制，还时常受到农民军的袭扰，经常有战斗发生，人们对当地的形势很担忧。但这个朱温却很有信心，经常鼓舞士气。
而在陈州前线，刺史赵犨一面固守，一面向临近的各道四处求援，附近的感化军节度使时溥、忠武军节度使周岌、宣武军节度使朱温都发兵救援。
朝廷也支持这三镇出兵围剿黄巢，加封朱温为东北面都招讨使，时溥为东面兵马都统。朝廷让朱温担此大任，这其实是让农民军自相残杀，不管谁被消灭，朝廷都坐收渔利。
朱温很快就发挥了作用，他与黄巢的一支军队在鹿邑县一带展开交战，斩杀农民军二千人，朱温随后占据了鹿邑东北的重镇亳州城。
此时，于黄巢军队的实力虽然不如从前，但与周岌、时溥、朱温的实力相比较，还是还比较强的，因此，周岌、时溥、朱温三个节度使即使联手也没有取胜的把握。
在这个实力对比的情况下，三位节度使决定共同请求河东节度使李克用再次派兵增援。
884年二月，李克用接受邀请，带领蕃夷和汉族的五万兵马，出天井关奔河南而来，但此时的河阳节度使诸葛爽不想让李克用的兵马通过地界，他以河阳桥正在修建为理由直接拒绝了李克用。诸葛爽还在万善镇（沁阳市北）屯驻军队作为威慑。
李克用于是带兵向西绕道，从陕州渡过黄河，东进陈州。三月，朱温又攻打黄巢军队占据的瓦子寨，瓦子寨的守将李唐宾、王虔裕战败，随后都投降了朱温。
李克用的军队抵达陈州后，官军的实力大增，黄巢面临的压力也陡增。
在此期间，收复长安的功臣杨复光在河中府病死，由于他很爱惜军士，官兵为他的死感到很悲伤。他组建的八都军也散了，鹿晏弘、韩建、王建等都头率领自己的人马分别散去。
而鹿晏弘、韩建、王建此后都各自建功立业，霸居一方。
在成都的大宦官田令孜一向忌恨杨复光，但又害怕他，当得知杨复光死了，他非常高兴，趁机排斥杨复光的哥哥、枢密使杨复恭。结果，在他的唆使下，杨复恭被调任为飞龙使，田令孜独揽朝政大权。
司徒、门下侍郎、同平章事郑畋，虽然没有再担任重要军事职务，但他仍然维护朝廷的尊严，遵守法令。当田令孜请求为不符合条件的官员加官进爵时，郑畋都不同意。
田令孜的哥哥、西川节度使陈敬瑄，想要把自己的同平章事职位提升到宰相之上，郑畋认为这不符合以往的旧例。因为按照惯例的话，陈敬瑄的同平章事只是达到宰相级别，在真正的宰相之下，郑畋因此与陈敬瑄也产生了矛盾。
田令孜、陈敬瑄兄弟二人合谋陷害郑畋，他们唆使凤翔节度使李昌言向唐僖宗进言说：“皇上车架途径凤翔前往长安时，不能让郑畋跟随，以免凤翔的军士乱猜疑，引起哗变。”。
这其实是故意的托辞，凤翔的军士很尊敬郑畋，根本不可能有疑心。但唐僖宗却不敢得罪这兄弟二人，又加上郑畋也多次进呈表文请求辞官，唐僖宗于是罢免郑畋的宰相官职，封为太子太保。
不仅如此，由于郑畋的儿子郑凝绩已担任兵部侍郎，朝廷也将他贬为彭州刺史，让郑畋到彭州去养老。（887年，郑畋在陕西陇县病逝，终年六十三岁。）