黄巢死后，曾经投降黄巢的蔡州节度使秦宗权的兵马实力还不弱，他继续走反唐朝的道路。但与农民起义军不同，秦宗权其实就是割据的藩镇军阀。
蔡州临近朱温的汴州，两人的观念不同，争斗不可避免。当时，中原一带的军阀还有时溥、朱瑄朱瑾兄弟，但这些人并没有公开反对唐朝廷。而朱温表面上是服从唐朝廷的管辖，因此，朱温当时最直接的敌人是反唐的秦宗权。
秦宗权是蔡州上蔡人，早年为许州牙将。当许州将官周岌在880年赶走忠武军节度使薛能取而代之时，秦宗权也驱逐蔡州刺史并占据蔡州。
当黄巢退出关中进入河南后，蔡州的秦宗权被农民起义军打败，秦宗权投降了黄巢。而黄巢在山东狼虎谷自杀后，秦宗权野心膨胀，把蔡州作为老巢，四出侵袭周围的城镇。
秦宗权为人残酷，所占州县都烧杀掠夺，百姓四处逃散，军队的后勤补给难以保障。
秦宗权的实力不弱，也没把朱温放在眼里。在884年七月，秦宗权主动攻打宣武节度使朱温。朱温此时的势力不强，就向天平节度使朱瑄求救（治所在郓州）。
朱瑄派堂弟朱瑾带兵前去援助，这个朱瑾作战勇猛，在合乡击败秦宗权的一支军队，为朱温解围。朱温感谢朱瑄，尊他为兄，“三朱”也结成同姓兄弟。
由于乱世之秋，唐朝能号令的地方只有黄河西、山南、剑南、岭南数十州，枭雄都在抢占地盘。
秦宗权派出军队抢掠邻近各道各州，包括河阳、许州、汝州、怀州、郑州、陕州、虢州，东西南北四处作乱，所到之处烧杀抢掠。
秦宗权要求光州刺史王绪提供赋税供养军队，王绪不能供给，秦宗权就发兵攻打王绪。
王绪没有实力与秦宗权对抗，就调遣光州、寿州的五千军士，裹挟着百姓渡过长江，辗转到江西的江州、洪州、虔州，还攻克了福建的汀州、漳州，最后在福建建立政权。
秦宗权赶走了光州刺史王绪后愈加猖狂，继续往东攻掠颍州、亳州，但在亳州焦夷县被朱温打败（焦夷县即夷父县、城父县）。
膨胀的秦宗权虽然没有绝对的实力在中原称霸，但他还是迫不及待的在蔡州称帝（885年二月），并设置百官。
朝廷以（徐州）武宁节度使时溥为蔡州四面行营兵马都统，讨伐秦宗权。
这年三月，秦宗权派他的弟弟秦宗言攻打荆南，并长期围困荆南。又派遣部将孙儒攻打东都洛阳，东都留守李罕之与孙儒相持数月，李罕之缺兵少粮，最终弃城向西逃到渑池。
孙儒占据东都洛阳一个多月时间，大肆抢掠，并焚烧宫殿、官府、民房，洛阳城已经空虚，孙儒随后率军扬长而去。
孙儒离开洛阳后，李罕之在泽州召来张全义，收集散失的人马。李罕之占据河阳，张全义占据洛阳，二人投靠河东节度使李克用，请求李克用援助。
李克用任命部将安金俊担任泽州刺史，安金俊带领骑兵前往援助。李克用奏请朝廷任命李罕之为河阳节度使、张全义为河南尹。
由于孙儒的残酷暴行，洛阳留下的是残垣断壁。张全义刚到这里时，百姓很少，无人耕种，到处都是废墟。
张全义倒是一个好官，他贴出安民告示，召集逃难的流民，鼓励百姓耕种，并进行奖励，对破坏生产和治安的人进行惩罚。（几年后，这里又逐步热闹起来。）
在秦宗权军队的大肆进攻下，临近蔡州的二十多个州县都被攻占。只有距离蔡州一百余里的陈州没有攻下来。
陈州刺史还是那个赵犨，虽然兵力弱，但据城坚守始终不投降，就像两年前抵抗黄巢的军队一样。他与朱温联姻，也得到了朱温的援助。
唐僖宗奖赏陈州刺史赵犨的忠勇能干，任命赵犨遥领蔡州节度使。
这年十月，秦宗权在八角镇打败了朱温的军队。
到了第二年五月（886年），秦宗权的部将秦贤又侵扰宋州、汴州，但被朱温的军队在尉氏南部将其打败。
七月，秦宗权又率军攻打许州，武军节度使鹿晏弘到此地没多久，但在抵抗秦宗权的战斗中被打败了，鹿晏弘也被杀死。秦宗权占据了许州（许昌市）。
886年十二月，因（滑州）义成节度使安师儒管理不力，把军政事务放权给部将夏侯晏、杜标，引起了其他将领的不满。
部将张骁率两千军士造反，攻打义成军的官署滑州，安师儒被迫杀死夏侯晏、杜标，平息众怒。
而（郓州）天平节度使朱瑄企图控制义成军，派他的堂兄弟、濮州刺史朱裕诱杀了张骁。
但没想到的是，朱温抢先派部将朱珍、李唐宾在雪夜突袭义成军，架起一百多个云梯攻克了滑州城，俘获了安师儒。朱温就此接管义成军，上奏请求以牙将胡真为留后。
而秦宗权的弟弟秦宗言围攻荆南长达两年，守将张环在荆南顽强固守，粮食、武器都用完了，死尸到处都是。但秦宗言最后还是未能攻克荆南城，只好撤兵离去。
秦宗权的兵力数倍于朱温，两个军阀经常开战，各有胜负，朱温不断集小胜为大胜，消耗对方兵力，但秦宗权因不能打败朱温而感到耻辱。
887年二月，秦宗权想集中兵力攻打汴州。朱温担心自己的兵马太少，派朱珍担任淄州刺史，让他招募一批军队回来，朱珍很快应募一万多人。
四月，朱珍带领招募的军士回到汴州，朱温很高兴。此时，秦宗权集中兵力进攻汴州，部将张晊（zhi）率数万人驻扎在汴州北郊，秦贤率数万人驻扎屯板桥，蔡州军排列三十六个营寨，相互连接二十余里，军势强盛。
朱温对诸位将领说：“秦宗权估计我们兵力少，又不知道朱珍已经带兵来到，以为我们害怕。我们要出其不意，先发制人。”
于是，朱温亲自领兵进攻秦贤的营寨，秦贤果然没有防备，四座营寨接连被攻克，一万多人被杀死。朱温又派牙将郭言在河阳、陕州、虢州一带募兵一万多人归来。
蔡州军的将领卢瑭驻扎在中牟县的万胜镇，他在汴水两侧安置军营，以便断绝汴州城的水路运输。
朱温挑选精兵前去偷袭，当时正好有大雾，朱温的部队悄悄到达卢瑭的军营，一阵掩杀过后，卢瑭的军士猝不及防，落入水中而死的人非常多，卢瑭也投河自尽。
蔡州军队都转移到张晊设立在北郊赤冈的营寨，朱温再次率军前去攻打，又斩杀二万余人。朱温获胜后暂回到汴州城内，休养整顿军队。
887年五月初三，朱温再次出兵与张晊的军队短兵相接，朱温的手下聚集了葛从周等农民军投降过来的猛将，从清晨打到中午，蔡州军又大败。
秦宗权对失败很气愤，从郑州前来与张晊的军队会合。朱温见决战在即，就向兖州、郓州再次请求救援，朱瑄、朱瑾都带领人马前往，（滑州）义成军也赶来参战。
五月初八，朱温指挥四个镇的军队在汴州北郊边孝村与秦宗权的军队决战，蔡州军因多次战败已没有太强的战斗力，被朱温的军队斩杀两万余人，秦宗权也趁夜间逃走。
汴州军缴获数不清的牛马、辎重物品、武器铠甲和俘虏，朱温非常感激朱氏兄弟的帮助，把他们当作亲兄弟对待。
秦宗权兵败如山倒，守护洛阳、河阳、许州、汝州、怀州、郑州、陕州、虢州的蔡州军士，得知秦宗权失败后都纷纷逃走。。
秦宗权、张晊败退至郑州时，屠杀城内的百姓泄愤，然后逃走。
朝廷任命扈驾都头杨守宗接管许州，朱温也奏请让部将孙从益接管郑州事务。