公元881年正月，唐僖宗的车驾自兴元出发，准备前往成都，陈敬瑄获知消息后，赶到鹿头关（德阳市境内）迎接唐僖宗。唐僖宗出发十几天后，到达绵州，东川节度使杨师立前来拜见，寒暄一番后，唐僖宗继续前进。
直到正月二十八日，唐僖宗的车驾到达成都，由于成都没有宫殿，就在节度使府住下，组成临时小朝廷。
唐僖宗在成都安顿下来后，开始大规模的调动兵力，准备反攻长安。他赐诏书给郑畋：“凡军队将士赴难讨贼有功者，可以先行赏赐官职，再后报朝廷。”
这个放权给郑畋授予的官职没限制级别，实际上是没有限制，是代替皇上任免官员。
唐僖宗还寄希望于广陵的淮南节度使高骈，多次派遣使者催促他出兵讨伐黄巢，但这个高骈不知道是此前被吓破了胆子，还是想继续观望，始终不肯奉命出兵。
唐僖宗加封淮南节度使高骈为东面讨贼都统，也颁诏书给高骈：“凡辖区内的刺史及诸将，讨贼有功者，有权可先授予自监察御史到散骑常侍级别的官爵，再向朝廷奏报。”大致相当于从正八品到从三品的官职。
唐僖宗加封的人还不少，枢密使杨复光被任命为京城西南面行营都监。河东节度使郑从谠也加封兼侍中，属宰相级。
凤翔节度使郑畋积极拉拢人，他劝以前的朔方节度使唐弘夫、泾原节度使程宗楚，共同讨伐黄巢，二人也想乱世中分一杯羹，都带兵前来。郑畋奏请以程宗楚为副都统、唐弘夫为行军司马。
此时的唐僖宗毫不吝啬官职，大力封赏，郑畋被重新封为同平章事，再列宰相之列。
此前因江陵兵败被贬为太子少师的王铎，也被加封为守司徒兼门下侍郎、同平章事。西川节度使陈敬瑄也加封同平章事。这宰相级别的官员可真多。
河东监军陈景思此前刚被任命为山西代北监军使，奉命征兵，结果还不错。
陈景思也率领沙陀族酋长李友金，以及萨葛部落、安庆部落、吐谷浑部落的兵马，前来支援攻打长安。
当他们走到绛州，正要渡过汾河时，绛州（新绛县）刺史瞿稹对陈景思说：“草贼势头正盛，不可冒进，不如先回代北招募更多的兵前来。”陈景思同意了，瞿稹就与陈景思一起回去招兵，竟然十几天就在代州一带招募了三万人。
这时的黄巢也逐渐看清形势的变化，准备向唐军发起主动进攻，不能让军队在长安“享福”了。但他既要阻挡山西、陕西的官兵，还要防止湖北荆州、襄州地区的官兵前来增援。
于是，黄巢分两条线部署作战。第一条线，派大将朱温领军队前往河南邓州一带。三月初三，朱温攻陷邓州城，活捉邓州刺史赵戒，随后留驻在邓州，阻截南方的增援官兵。
第二条线，黄巢派尚让、王播率五万人前往凤翔，攻打郑畋，这里是官军暂时的大本营。此时的农民军打进了长安城，骄傲情绪弥漫，尚让认为郑畋是文人不懂军事，因此没有太当回事。
尚让的大意轻敌带来了什么后果呢？先看看郑畋是真么布阵的，郑畋既然要与农民军死战，必然也做了充分准备，因此，他知道此战对唐朝小朝廷是非常重要的。
郑畋与此前召来的唐弘夫、程宗楚两位节度使研究对策，决定以逸待劳，采用伏击战术。
岐山县东有一个龙尾陂，是地势较高的土坡，几万农民军浩浩荡荡而来，前锋张归厚走在前面，远远就看见有几千名官兵在龙尾陂的高冈上布阵，但阵形散乱。
张归厚一阵冷笑：“这书生果然不懂兵，让一群散兵游勇在这里等我们。”没多久，这群官兵从高冈上冲下来，还没交战就往后而逃，农民军大胆追赶，后面的大队人马都进入沟里，主帅尚让在旌旗护卫下骑马走在后面。
突然，两边战鼓齐鸣，无数的官兵呐喊着从沟的前后杀出，堵住了农民军的退路。尚让一看不好，中了埋伏，马上命令后队变前队，准备撤军。
前有泾原节度使程宗楚，后有朔方节度使唐弘夫，山岗上有郑畋率领的弓箭手，双方展开激烈的厮杀。农民军虽然人数众多，但毕竟深入险境，进退两难，将士都比较焦躁，纷纷夺路而退，自然处于下风。大批官兵守住沟口，农民军多次冲击，死伤惨重。
双方激战大半天，都打得精疲力尽，最终，农民军保护着尚让等主将冲出沟口，向长安撤退。官兵乘胜继续一路追杀不停，农民军死伤二万多人，尸体丢弃在路上长达数十里，终于逃归长安。
龙尾陂之败的消息对农民军的震撼很大，影响了士气。
而长安城内百姓也并不是都欢迎农民军，因为农民军曾经在城里大肆抢劫和杀人。
有人在长安尚书省大门上涂写诗句，嘲弄起义军的此战失败，尚让看见后勃然大怒，下令把当时在尚书省的官员和军士全部挖去眼睛，把他们倒悬挂门前。又下令搜寻长安城中会写诗的人，总共抓到三千余人，全部处死，长安城内又一次哀鸿遍野。
龙尾陂之战后，黄巢的形势不利。各藩镇虽然归降黄巢了，但其实都还是由原官兵主将把守，换汤没换药。
很多唐朝的旧臣都跑到成都觐见唐僖宗，藩镇们仍然向成都进贡，成都的势力渐渐增强。
郑畋趁机又传檄天下各籓镇，合兵讨贼。一些表面上归顺农民军的各镇主帅本以为唐朝就此完蛋了，现在见有人挑头了，认为有机可乘，纷纷反水，都想争抢围剿农民军的功劳。
河阳节度使诸葛爽就是反水的官军主将，他上表到成都，愿意回归唐朝廷，唐僖宗大喜过望，诏令他仍然担任河阳节度使。但黄巢没精力征讨他。
还有宥州刺史拓跋思恭打着勤王的旗号，搜罗了党项、胡族数万兵马，来到鄜州（陕西富县），与鄜延节度使李孝昌会盟，声称共同讨伐农民军。郑畋为了拉拢拓跋思恭，奏请他代理夏绥节度使。（宥州的治所在内蒙古鄂托克旗南境内。）
而奉天（陕西乾县）镇使齐克俭此前在潼关外被农民军打败，现在也派人到郑畋这里，表示效忠唐朝廷，找农民军报仇雪恨。