至少在20世纪90年代中期之前，三九因产品之卓越、机制之先进而无敌天下。在后来的20年里，“三九胃泰”几乎没有太多的更新换代，每年就可以带来10亿元的销售额和上亿元的利润，是当时的胃药市场上最成功的产品。
1995年5月1日，在美国纽约曼哈顿最繁华、也是最具有商业标志意义的时代广场，竖起了第一块中国公司的广告牌。“999三九药业”的霓虹灯广告十分醒目。赵新先专程赴美召开记者招待会，站在广告牌下接受数十家中国以及美国媒体的采访，侃侃而谈，顾盼生风。这应该是他企业家生涯中最值得骄傲的时刻。第二天的《纽约时报》报道说：“这是中国企业第一次在世界上广告密度最大、最有影响力的商业区做中文广告。时代广场由此出现了一种新的广告语言——中文。”在后来的几年里，很多人出国到曼哈顿，必去参观这块三九的广告牌。它成为中国公司进入全球化的一道风景线。三九让人们看到了中药复兴的曙光。
南方药厂归属解放军总后勤部之后，总后勤部先后3次将71家军队企业划归三九管理。这些企业分属旅游、农业、汽车、食品、酒业、房地产等多个行业，均与医药业无关。由此，三九搭建了一个多元化的成长平台。对三九来说，这些企业好比是一堆“免费的果子”，看上去琳琅满目，吃下去却难咽非常。它们大多是20世纪70年代末期部队为了弥补军费不足而搞生产经营的产物，工业基础差，人员老化，关系复杂，经营思路狭窄。不过，赵新先对此却显得非常兴奋，认为这是三九迅速做大的天赐良机。后来的事实证明，他对机制的积极效应过于乐观。三九为了维持一些企业的正常运作，每年必须投入上亿元的资金。
1996年，全国的国有企业改革进入最艰难的时刻。在民营资本及跨国资本的双向夹击下，国有企业在很多领域里都出现了集体溃退的现象，已成为不少地方财政无力支撑的沉重包袱。于是，“国退民进”成了现实的策略。各地政府纷纷推出老企业改组、嫁接的新政策。一时间，企业并购风起云涌。正在扩张兴头上的赵新先无疑看到了这一趋势，拟订了大规模收购兼并的战略。
四川的雅安制药厂是国内生产中药针剂最早的厂家之一，到1995年底，全年产值只有1000多万元，利润仅2万元。赵新先在一次出差中发现了这家企业，当即拍板投资1700万元予以收购，并委派最得力的干将入川经营。雅安厂的针剂贴上三九的品牌，通过三九的营销网走向全国市场，一年后产值就达到了1亿元，实现利税2000多万元。雅安经验的成功顿时让赵新先雄心万丈。他认为，只要将三九的机制和品牌注入，再加上适度的启动资本，完全可以让它们一夜之间铁树开花。1996年底，三九召开雅安经验学习会。会后，他宣布成立三九投资管理公司，委派60多名干部奔赴全国各地，专事收购兼并工作。
当时，三九品牌响彻天下。因此，赵新先每到一个省，书记、省长必出面接待。到了市里，更是惊动五大班子集体迎送，各地媒体更是追踪报道，热烈捧场。一些偏僻地方的企业听说三九开始大并购，便千里迢迢地跑到深圳三九总部要求兼并。
赵新先并购企业主要有3种方式。第一种是“承债式”，三九把企业的资产和债务全部打包吃下来；第二种是“控股式”，三九出一部分资金成为企业的控股方；第三种是“托管式”，三九只管经营，不担债务，从增长的效益中分成。总体而言，三九的并购成本非常之低。他倡导的并购理念是“输出机制不投钱”。也就是说，当地政府把企业送给三九来管理，再搭上一大部分的股份，三九付出的是“三件宝”，即机制、品牌和渠道。湖南的郴州药厂是妇科中药生产基地，多年来获得的药品批号有50多个，可是经营却一塌糊涂，年年亏损，资产负债率高达99％。他兼并该厂后做的第一件事情就是给每个职工分送一本他主编的《论三九机制》。班组学习讨论两个星期，然后在企业内推行“干部能上能下、职工能进能出、工资能高能低”的市场化管理。药厂的产品也贴上三九的商标，进入三九的销售渠道。1年后，药厂实现产值2200万元，创造利税300多万元。
在外人看来，三九的一次次攻城略地无疑是辉煌而炫目的。通过并购式的扩张，三九的产品从冲剂向针剂延伸，从消化类中药扩充到抗癌类、妇科类等多个门类，俨然已构成了一个中药帝国的雏形。1999年9月，踌躇满志的赵新先出席《财富》全球论坛上海年会并发表演讲，畅谈中医、中药是中华民族参与世界竞争非常有潜力的资源和最优秀的文化品牌，并提出将用5年时间把三九建成世界上最先进、最大的植物药生产企业，用10年时间把三九建成亚洲最大、最强的综合性制药企业，用15年的时间使三九进入世界500强的行列。在那次论坛上，他见到了自己的偶像——GE的杰克·韦尔奇。后者在回到美国后评论见到过的中国企业家时说：“他们好像是在演戏。”
从1996年到2001年，三九出手并购了140多家地方企业，平均每个月并购2家。其中，承债式占45％，控股式占35％，托管式占20％。就在这种跑马圈地式的疯狂并购中，三九迅速扩张成全国最大的中医药企业，总资产猛增到186亿元，所属企业遍及全国，形成了医药、汽车、食品、制酒、旅游饭店、商业、农业和房地产八大行业，旗下甚至包括一家华南地区最大的夜总会。
2002年，三九厂庆，赵新先吩咐重新装修厂史陈列室。设计人员在陈列室的入门处放置了一艘航空母舰的模型，军舰的甲板上放了56架飞机，分别代表了三九直属的56家二级子公司，而在它们旗下还有上百家三级、四级公司。他对这个创意十分满意，每有贵客来，必在军舰前一一介绍。到他退休之前，飞机最多的时候为98架。