黄巢与尚让收集战败的军队，渡过长江向东转移，又进攻鄂州（武昌），攻进其外城。由于朝廷的救兵来到，农民军绕城而走，转战到江西，进攻江西的饶州、信州、杭州、衢州、宣州、歙州、池州等州城。
农民军在江陵兵败后，有几千人到达浙北，进犯杭州的临安县。在此镇守的钱镠采用伏击与虚张声势等战术，以少胜多击败农民军先头部队，随后又故意在地名为八百里的地方散布假消息：“临安屯兵八百里”。农民军不知是计，以为八百里都有官军，就不敢进攻临安。
高骈作为诸道行营兵马都统，责任更加重大，他到广陵后，传檄征发天下兵马，得到淮南本地的军士和各道军队共七万人，朝廷因此也对他很器重。
当农民军在江西的饶州（鄱阳县）、信州（上饶市）一带转战时，高骈命大将张璘、梁绩渡过长江讨伐农民军。
880年四月，张璘率军渡江袭击农民军将领王重霸，王重霸战败，投降了官军。张璘又率军屡次袭破黄巢的军队，农民军在交战中没有占到优势，吃了亏，于是黄巢退保饶州。农民军将领常宏对前途没有信心，又带自己的数万人投降了官军。
张璘率官军乘胜进攻饶州，饶州被攻破，官军于四月十九日占领饶州城，李罕之、毕师铎、秦彦、许勍等将官纷纷投降淮南的官军。
此时，已是五月，黄巢率军驻扎在信州，农民军中又发生了传染疫病，导致士气低落，黄巢也一筹莫展。而北方诸道官军也已兵临淮南，准备共同围剿农民军。
官军这边已被胜利冲昏了头脑，战败草贼的奏报天天都发往京师长安，这其中有很多是假消息。但朝廷百官也懒得辨别真假，都上表向唐僖宗表示祝贺，朝廷觉得农民军将要被消灭了，似乎已万事大吉。
黄巢果然能屈能伸，面对困境，他的意志没有被击垮，而是决定采用缓兵之计，先用重金贿赂张璘，谎称要投降朝廷。然后再派人送了大量财物贿赂高骈，请求高骈代向朝廷保奏做官。
高骈也想引诱黄巢投降，或者找机会灭掉黄巢，这样他就可以立下大功，因此，高骈为他向朝廷求节钺册封。这真是周瑜打黄盖，一个愿打一个愿挨。
当时，昭义、感化、义武等多道官兵已奉命调至淮南，高骈担心各路官军分享其功劳，上奏说要不了多久就可以平定草贼，不需要再派这么多官军了。
朝廷见形势一片大好，不需要再花费捉襟见肘的财力、物力了，就下诏遣散了诸道官军，让他们各回原镇。
黄巢的军队经过一段时间修整，军力开始恢复，又得知诸道唐兵已经北渡淮河离开后，决定与高骈绝交。黄巢故意要求高骈提供很多军事物资，高骈不答应，黄巢就扬言要与高骈大战。
骄横的高骈这一次气急败坏，到手的鸭子竟然要飞了，他命令张璘立即进攻。可是张璘此前收到了很多贿赂，也认为黄巢已经不是对手了，因此对军队放松了管理，士气直线下降。
而黄巢，对这场战争则提前做好了准备，以有备之师攻不备之军。在灵山下的一场大战，朱温、葛从周、张归厚、张归霸等农民军将领一起出击，分路合围，张璘这员猛将虽然厉害，但好汉架不住人多，农民军也是憋足了一股怨气，张璘竟然就此死在了乱军之中。
曾经屡战屡胜的张璘在此战中被起义军击毙，官军大败。黄巢消灭了高骈的精锐之师，为渡长江北上打开了通路，因而获胜后势力大振。
而此时的高骈失去了精锐部队后，态度发生了180度的大转变，再也没有了往日的“雄风”，开始惧怕黄巢的威势，拥兵数万守住广陵（扬州），称病不出，以保存实力为主，不再主动攻击起义军。由于他闭门不战，在长安流传着高骈已与黄巢勾结的流言。
农民军乘机扩大战果，880年六月，黄巢的部将攻陷睦州（浙江建德县）、婺州（金华市）。六月二十八日，黄巢率军又北上攻陷宣州（安徽宣城市），进一步靠近长江天险。
形势变好了，江淮地区参加义军的人数也多了。七月，在马鞍山市采石矶这个地方，黄巢率领15万大军渡过长江，快速向北运动，围攻南京的六合县、滁州的天长县，兵势变的强盛。
此时的淮南军将领毕师铎，本来就是从农民军中投降高骈的，他知道农民军来无影去无踪，擅长流动作战，因此劝告高骈说：“朝廷倚仗于您这样的大吏，江淮的安危全仰仗于您，如今草贼乘胜长驱北进，我军应及时占据险要之地阻挡贼军，否则，一旦贼军北上，就难制服他们了，将会成为中原的大患。”
高骈说：“现在援军已遣回，张璘又战死，我也没有实力打败贼军了，唯有靠尔等严加防备，不宜主动出击，否则，我这老本也会拼光的。”
不仅如此，高骈还给朝廷上表告急，表文说：“黄巢贼众六十余万，屯驻在天长县，距我驻地不到五十里。”
高骈的这个表文在长安引起了很大的震动，因为此前宰相卢携极力推荐：“高骈有文武之才，平定黄巢贼军不在话下。”表文送达朝廷后，官员上下因失望而产生恐惧。这正验证了那句话：希望越大、失望越大。
唐僖宗下诏，谴责高骈此前狂妄自大遣散了诸道官军，致使黄巢乘官军防守不严而渡过长江。
更惨的是，唐王朝苦心构建的企图阻挡黄巢北上的军事防御体系瓦解了。而黄巢也没有再理会高骈这个昔日的冤家对手，而是继续北上，他的心里念念不忘的是长安的巍峨宫殿，广陵只是一座城而已。
农民军将要北渡淮河，唐宰相豆卢瑑请求唐僖宗授予黄巢天平节度使的官职，这其实是缓兵之计，目的是想等到黄巢上任时，再进行讨伐。
但宰相卢携说：“盗贼们都是贪得无厌，即使给黄巢节度使之职，也不能制止他，还是要调集诸道军队扼守泗州，派汴州节度使统率大军攻击黄巢贼众，迫使草贼再退往江、浙一带，然后可以将其赶入大海。”
唐僖宗对这个表面很好的主意同意了，但计划不如变化，朝廷调兵遣将还没到位，淮河以北各州都相继告急，此时的农民军势头很猛。宰相卢携感觉情况不妙，宣称身体有疾病，不再上朝。