因为宰相崔昭纬等交结藩镇、结党营私，甚至借三镇势力压在皇帝之上，唐昭宗又想起了被贬的张浚、孔纬，因这二人是性格刚直人士。
六月初五，诏令被贬为均州刺史的孔纬、绣州司户张浚都担任太子宾客。初六，朝廷又任命孔纬为吏部尚书。
初七，又授孔纬为司空，兼任门下侍郎、同平章事。任命张浚为兵部尚书、诸道租庸使。当时孔纬、张浚居住在华州，孔纬因为身体有病，乘车来到京师坚决推辞，但唐昭宗不准。不久，孔纬就病死了。
李克用向唐昭宗上表声称王行瑜、李茂贞、韩建派兵进犯京师，残害朝中大臣，请求讨伐他们。李克用又给王行瑜、李茂贞、韩建三位节度使发去征讨檄文，王行瑜等很恐惧。
李克用的军队到达绛州时，绛州刺史王瑶闭城抵抗。李克用发兵攻城，十天后，攻克绛州，王瑶在军营的大门被斩杀，城内进行抵抗的一千余人都被杀。
七月初一，李克用到达河中，王珂在路上迎接他。
而王行瑜的弟弟、匡国节度使王行约在朝邑打了败仗，七月初三放弃同州（大荔县）逃跑，很快到达京师长安。王行约还有一个弟弟王行实当时担任京师左军指挥使，他率领手下人马与王行约一起在长安西市大肆抢掠。王行实还向唐昭宗上表奏称同州、华州已经沦陷，李克用的沙陀军就要到了，请皇帝的车驾到邠州去避难。
枢密使骆全瓘也上表奏请皇帝出巡凤翔。但唐昭宗说：“朕收到了李克用的表章，他率军在河中驻扎。即使是李克用到达这里，朕自然有办法应付他，你们要带好自己的军队。”
京师的右军指挥使李继鹏是凤翔节度使李茂贞的养子，他与骆全瓘准备劫持唐昭宗前往凤翔。中尉刘景宣与王行实想劫持昭宗前往邠州。孔纬当面驳斥刘景宣，认为皇帝不能轻易离开长安。
当天傍晚，李继鹏接连上奏请昭宗出走凤翔，王行约不希望李继鹏抢先劫走昭宗，就带领他的左军攻打李继鹏的右军，李继鹏又放火焚烧宫门，战斗声惊天动地。
当时有盐州六都军队驻扎在京师，唐昭宗便紧急诏令这支军队入宫护卫，盐州六都军队到达后，左、右两支军队都撤退，左军返回邠州，右军返回凤翔。长安城内很混乱，到处抢劫。
有传说王行瑜、李茂贞要亲自来长安迎接皇帝，唐昭宗担心被他们逼迫，命令禁军都头李筠、李居实的军队进行护卫，然后从长安城南面奔往南山。当时朝廷百官大多没有来得及跟随，只有户部尚书、薛王李知柔首先赶到，追随昭宗车驾的百姓中暑饥饿而死的人有三分之一。
唐昭宗诏令李克用、王珂分别派一万骑兵讨伐叛军，又诏令彰义节度使张鐇带领泾原军队防备凤翔的李茂贞。
李克用接受诏令，派遣军队先进攻华州的韩建，恰巧这时李茂贞带领三万岐州军队已到，王行瑜也率领邠州军队到达兴平县，都想迎接唐昭宗的车驾。李克用就解除对华州的围攻，赶往长安的渭桥。
当唐昭宗在南山停留十几天后，邠州、岐州的军队也快到了，唐昭宗派延王李戒丕前赴河中，催促李克用开进军队。
895年七月二十七日，李克用的军队从河中出发。唐昭宗又派遣供奉官张承业前往李克用的军营，趁机把他留在李克用的军营做监军，进行监视。
八月初五，李克用命令军队向渭桥开进，派遣李存贞为前锋，又派遣史俨带领三千骑兵前赴石门镇护卫唐昭宗。初九，李克用又派李存信、李存审会同保大节度使李思孝攻打驻扎在梨园寨（淳化县境内）的王行瑜，擒获了王行瑜的部将王令陶等人。
李茂贞这时感到很恐惧，担心自己被诛杀，于是他杀死养子李继鹏，把其头颅送到石门镇唐昭宗的住地，并向朝廷请求冶他的罪，还派出使者向李克用求和。
唐昭宗派遣延王李戒丕、丹王李允告诉李克用，先暂且赦免李茂贞，等到消灭王行瑜，朝廷会再商议处置李茂贞。
朝廷还贬宰相崔昭纬为梧州司马，任命护国军留后王珂为节度使，因为王珂获得了李克用的支持。
895年八月十四，朝廷革除邠宁节度使王行瑜的官职爵位，并发兵讨伐（邠宁节度使冶所在邠州（今陕西彬州），主要辖区是邠州、宁州、庆州）。
任命李克用为邠州四面行营都招讨使，保大节度使李思孝为北面招讨使，定难节度使李思谏为东面招讨使，彰义节度使张鐇为四面招讨使。
做完这一番安排，唐昭宗的车驾返回长安，李克用派遣骑兵护驾。
李克用率军猛攻梨园寨，王行瑜向李茂贞求救。李茂贞派一万人驻扎在龙泉镇，自己率领三万人开往咸阳附近。
李克用奏请朝廷让李茂贞返回凤翔，革除他的官职。但唐昭宗认为李茂贞的罪过已经赦免，只是诏令李茂贞返回凤翔，依然希望李克用与李茂贞和解。
朝廷还任命昭义节度使李罕之担任检校侍中、邠宁四面行营副都统。史俨又在云阳打败王行瑜的军队，擒获云阳镇使王令诲，进献给朝廷。
李克用打了胜仗，唐昭宗给奖赏，由于魏国夫人陈氏的才能姿色群冠后宫，唐昭宗把陈氏赐给李克用作为奖赏。
十月初，李存贞在梨园寨北部打败王行瑜的邠宁军队，杀死一千余人。从此，梨园寨不敢再出战，但城内粮食吃完，城里的军队弃城逃跑。
李罕之攻克了王行瑜军队的三个营寨，斩杀一万余人，擒获王行瑜的儿子王知进、大将李元福等，李克用随后进驻到梨园寨。
王行约、王行实兄弟二人见哥哥兵败，就放火焚烧宁州城后逃跑。李克用奏请匡国节度使苏文建担任静难节度使，镇所暂设在宁州。
王行瑜带领五千精兵驻守龙泉寨，李克用继续率军攻打。此前驻扎在此的李茂贞带领五千人救援王行瑜，但遭到李罕之的袭击，李茂贞撤兵而走。。
十一月初五，李罕之攻克龙泉寨，王行瑜逃入邠州城，并派遣使者向李克用请求投降。
李克用再率兵攻打邠州城，王行瑜登城哭诉说之前发兵长安都是被李茂贞、李继鹏逼迫的，自己愿意向朝廷投降。但李克用不答应，王行瑜就带领族人弃城而走，当走到庆州境内时，王行瑜被部下杀死，首级传至京城。