895年十二月，李克用因平叛有功，被封为晋王，河东诸将都有封赏。李克用在渭水以北驻扎，派遣使者进入长安城向朝廷谢恩，密请一举攻克凤翔。
但唐昭宗与大臣商议后认为，李茂贞如果被消灭，李克用的势力就会太大，朝廷就会更危险。于是，唐昭宗赐诏书奖赏他对朝廷的忠诚，免去李克用入京朝拜的礼节，请他班师回晋阳。
李克用离开后，李茂贞继续骄横，向朝廷进献贡品逐渐减少，进呈的表章也骄横傲慢起来。还占据了河西的州县，奏请任命手下将领胡敬璋为河西节度使。
唐昭宗从石门返回长安城后，想增加自己的禁军，于是除了左、右神策军，又设置安圣军、捧宸军、保宁军、宣化军等军队，增补了两万军士，由各亲王统领。
李茂贞认为这是要讨伐他，扬言要带兵入长安给自己请罪，唐昭宗立即派使臣向河东节度使李克用告急。
896年六月十七日，李茂贞带领军队逼近京城一带，覃王李嗣周在长安西边的娄馆迎战，结果官军战败。（此期间，朱温正在持续进行郓州、兖州之战，没有太多精力关注西边的事情）
七月十二日，唐昭宗再次离开长安避难，计划从鄜州渡河到晋阳李克用那里去。
但途中，华州节度使韩建派遣他的儿子韩从允接唐昭宗到华州，唐昭宗起初不同意，当走到富平县时又召唤韩建前来商议是东去晋阳还是留在华州。
韩建告诉唐昭宗说当今骄横跋扈的不止李茂贞一人，陛下的车驾如果渡过黄河就可能再也回不来了。唐昭宗最后同意留在华州，韩建的节度使司作为皇帝的行宫，龙兴寺作为韩建的临时官署。
李茂贞的军队进入长安后，放火烧毁宫殿，大肆劫掠一番。
华州的韩建向各道发出檄文，要求运输钱财粮食到居住在华州的唐昭宗这里。
李克用上奏朝廷要与邻近各道发兵前往救驾，朝廷准备讨伐李茂贞，任命孙偓为凤翔四面行营都统，又以前定难节度使李思谏为静难节度使兼副都统。
李茂贞故伎重演，再次向朝廷上表自请治罪，并愿意出钱修缮被烧毁的长安宫殿，韩建也从中为李茂贞求情。朝廷就不再出动军队讨伐李茂贞，免去孙偓的凤翔四面行营都统官职。
韩建也想控制朝政，因各亲王掌管禁卫军队，韩建就想除掉各亲王管辖的军队。
韩建指使张行思等控告八个亲王（睦王、济王、韶王、通王、彭王、韩王、仪王、陈王）想谋害他，还说八王要劫持皇上的车驾到河中去。唐昭宗根本不相信，想向韩建解释，但韩建以有病为推托不来。
唐昭宗又命令各亲王到韩建那里自行解释，韩建也不愿意见面。为了逼迫唐昭宗答应，韩建直接带兵围困唐昭宗的行宫，昭宗迫不得已，当天就诏令各亲王掌管的军士全都解散遣回，八王原有的盔甲兵器全部交给韩建掌管。
韩建又上奏要求解散安圣、捧宸、保宁、宣化这四支亲军，唐昭宗只得又颁下诏书，把这四支亲军二万余人全部解散。韩建还通过诬陷将此前护驾有功的禁军都将李筠杀死在华州的大云桥。
此外，韩建又提出，许多藩镇谋乱都是靠拥立皇族宗室的分支来笼络民心，奏请唐昭宗把在各地的皇室各王都召回朝廷。
待皇室各王都回来后，韩建把他们幽禁在其他府第。韩建再奏请立德王祐为皇太子，仍更名为李裕，唐昭宗都同意了。
897年三月，（陕州）保义节度使王珙围攻（河中）护国节度使王珂，兄弟二人摆开战场。
王珂向李克用求援，王珙则向朱温求援。朱温派遣张存敬、杨师厚率兵在猗氏县（今临猗县）南部打败河中的军队，而李克用派遣李嗣昭又在猗氏县打败陕州的军队，接着又在张店再次打败陕州的援军，河中的围困解除。
李克用因帮助刘仁恭谋取幽州节度使的职位，幽州的租税每年源源不断送往河东。897年八月，李克用想平定关中的叛乱，迎接唐昭宗回长安，就向刘仁恭征调军队，但刘仁恭以防备契丹为由没有答应。
李克用再三催促，刘仁恭竟然把派来的使者囚禁起来，李克用亲自率领军队前往攻打刘仁恭的军队。
但李克用酒醉轻敌，结果在蔚州（山西灵丘县、河北蔚县一带）中埋伏，大败而归。
当延王李戒丕从河东回到华州，韩建得知李克用近期被幽州的军队打败而无暇西顾，此时的韩建愈发狂妄，他诬陷回到华州的延王李戒丕、覃王李嗣周谋反，要求唐昭宗杀死他们，但唐昭宗没答应。
韩建、知枢密刘季述以假诏令发兵围攻各王的十六宅住所，八王及覃王、延王、丹王共11人都被押到华州西部的石堤谷杀死，韩建还向唐昭宗奏报说他们因谋反而被处死。
九月，朝廷决定讨伐李茂贞，任命彰义节度使张琏为凤翔西北行营诏讨使，加封为同平章事，革除李茂贞的官爵，取消李姓，恢复其本名宋文通。
（同州）匡国军节度使李继瑭是李茂贞的养子，听说朝廷要讨伐李茂贞，李继瑭很害怕，于是逃到凤翔。十月，朝廷任命韩建为镇国、匡国两军节度使。
此时期，（成都）西川节度使王建想扩大地盘，不断攻打东川节度使顾彦晖的领地。双方大小交战五十多次，顾彦晖屡屡战败，王建率军围攻顾彦晖所在的梓州城，顾彦晖自杀而死。。
王建率军进入梓州城，城内的军队还有七万人，王建委任养子王宗涤为东川留后。十二月，王建自梓州返回成都。
不久，朝廷加封平卢节度使王师范为同平章事，以兵部尚书刘崇望担任东川节度使，也加封同平章事。但后来，朝廷得知王建已委任王宗涤为东川留后，就让刘崇望返回京城。