1、由于兖州被朱温的军队围攻，朱瑄为了解除汴州军队对兖州朱瑾的威胁，于十一月派遣部将贺瑰、柳存以及河东的将领何怀宝带领一万余人，前往袭击曹州，以缓解汴州军队对兖州的攻打（因曹州临近朱温的老巢汴州）。
十一月十五日，朱温得知这个消息后，带领军队从中都县（今汶上县）追击贺瑰等人的兵马，从夜间追到天亮，一直追到钜野县的南部（今巨野县北）才追上。
贺瑰、柳存、何怀宝打不过朱温的军队，都被汴州军抓获，还有三千名军士也被俘。当晚，狂风大作，朱温说：“看来，老天爷是嫌我杀人不够啊！”朱温就下令在夜里把俘虏的军士全部杀掉。
过了两天，朱温把贺瑰等被俘虏的将官捆绑来到兖州城下示众，奉劝朱瑾早点投降。
朱瑾将计就计假意答应，由于气愤其堂兄朱琼献出齐州投降了朱温，朱瑾就提出由朱琼来接受泰宁军的兵符印绶。朱温答应了。
朱瑾骑马站立在兖州的护城河桥上，让董怀进埋伏在兖州城门桥下，朱温令朱琼如约前往。待朱琼到达时，董怀进突然奔出抓获朱琼进入城内。朱瑾立即命令砍下朱琼的脑袋，丢到城外。
由于事发突然，朱温遭此事变，随即撤军，并斩杀了被俘的柳存、何怀宝。朱琼的弟弟朱玭被任命为齐州防御使。
朱温离开兖州时，留下葛从周带领军队继续围攻兖州，而朱瑾关闭城门不再出来交战。
葛从周想要撤军，先四处扬言说要去抵挡朱瑄、李克用派来的援兵，但却在半夜偷偷回到兖州城外的营寨。
朱瑾以为葛从周已离开，果然出城袭营，结果中了埋伏，被葛从周杀得大败，都将孙汉筠也被俘虏，兖州军士损失上千人。葛从周随后安全撤军而走。
2、朱瑄、朱瑾由于经常被朱温的军队攻打，百姓的生活及军队的补给都陷入困境，二人一再向李克用求援。
895年十二月，河东节度使李克用又派遣史俨、李承嗣带领三千骑兵，南下援救郓州、兖州。并向魏博节度使罗弘信借道（河北的南部一带），罗弘信答应借道。
随后，李克用又派养子李存信率三万名军士驻扎在莘县，作为后援。朱温派人对罗弘信说：“李克用一直想吞并河朔地区，我担心他的军队返回时候会袭扰你的地盘。”
这个李存信确实管束军士不严，纵容手下的军士抢劫魏州百姓，罗弘信大为愤怒，发兵三万人在夜间袭击李存信。
李存信的军队溃败，损失了很多军士，退到洺州（河北永年县一带），丢弃的粮食兵器数以万计；史俨、李承嗣的军队被隔绝不能返回。
罗弘信从此与河东节度使李克用决裂，专心依附汴州的朱温。这也间接导致李承嗣、史俨返回河东的退路被阻断，无法回去。
其实，朱温因正在攻打兖州、郓州，也担心罗弘信在背后暗算。每当罗弘信派人向他赠送财物，朱温都着罗弘信使者的面向北跪拜接受这些东西，嘴上说一堆感谢的话。”罗弘信相信了他的话，朱温因此得以专心攻打东面的兖州、郓州。
3、896年三月，朱温再派遣庞师古带领军队讨伐郓州，在马颊水一带打败郓州军队，抵达郓州城下。
李克用因魏博军此前打败了李存信的军队，五月，他就派军队报复。河东军进攻洹水县（今魏县境内），斩杀罗弘信的军队一万余人，接着又攻打魏州（大名县、魏县一带）。
李克用的军队在魏州、博州、贝州、卫州、澶州、相州大肆抢掠。朱温命令正在攻打郓州的先锋将官葛从周带领军队到洹水县驻扎，以便增援罗弘信。留下主将庞师古继续攻打郓州的朱瑄。
李克用见葛从周率汴州军前来援助魏博军，就转而攻打葛从周。葛从周的汴州军队在洹水县的阵地前挖了许多沟坎，李克用的儿子李落落骑的马遇到沟坎被绊倒，汴州军队将他活捉。
李克用去救李落落，战马也被绊倒，汴州军士冲过来，李克用回身用箭射中一名汴州军的将官才得以逃脱。
李克用因儿子被俘，向朱温请求和好以便释放儿子李落落，但朱温不答应，还把李落落交给魏博节度使罗弘信处置，罗弘信把李落落杀死。李克用因失败，只好带领军队从洹水县返回晋阳。
4、李克用撤军后，大将葛从周也从洹水县带领汴州军队返回，渡过黄河，在东阿县的杨刘渡口驻扎。
葛从周再与兖州、郓州的军队交战，两军在东平县西北的故乐亭开展。汴州军占据了战场优势，全部占领了兖州、郓州的周边城镇。
朱瑾、朱瑄多次向李克用求救，李克用派的军队受到魏博节度使罗弘信的阻截，无法前去救援。
朱瑄的天平军、朱瑾的泰宁军因长期战争，导致两镇人口流失，粮食匮乏，实力大减，已无力对抗朱温。
李克用也不希望朱瑄、朱瑾被朱温消灭，为了打通救援郓州的通道，九月，他又派李存信率军攻打临清县，在宗城县北部打败汴军将领葛从周，乘胜进军直达魏州城的北门。
十月，李克用又亲自带领军队攻打魏州的罗弘信，在白龙潭打败魏州军队，一直追赶到魏州外城的观音门。
朱温不能失去魏州这个盟友，急忙又调葛从周前往洹水县救援，朱温自率大军也相继赶到，但李克用因没有把握取胜，就撤军返回晋阳。
十一月，朱温也率军返回汴州，又派葛从周前去会合庞师古，准备再攻打郓州城。
897年正月，汴军的葛从周、庞师古合兵攻打郓州，朱瑄事先在城周围挖一条护城河阻挡进攻。
庞师古在济水旁扎寨，用树木搭起浮桥，在夜晚率领中军先渡过济水攻城。此时的朱瑄大势已去，担心守不住就弃城逃走，在葛从周的追赶下，他逃到中都县（今汶上县），藏在农家，但农民把朱瑄和他的妻子都交给了葛从周。
当郓州被攻破时，朱瑾正与河东派来的将官史俨、李承嗣一起在丰县、沛县一带收集军粮，留下大将康怀英守兖州城。
朱温得知兖州城兵力空虚后，立即派葛从周率军袭击兖州。守城的康怀英听说郓州城失守，知道难以对付朱温的大军，就献出兖州城投降。二月初三，葛从周进入兖州城，抓获朱瑾的妻子和儿子。
朱温得胜后，率军返回汴州，把朱瑄杀死在汴桥下面，还准备把朱瑾的妻子纳为妾，但在妻子张氏的劝导下，朱温最终允许朱瑄的妻子出家为尼姑。
这时，李克用的养子李存信还领一支军驻扎在魏州，得知兖州、郓州都被朱温攻占，他就带领人马返回晋阳。
朱温对有功的大将进行封赏，向朝廷奏请任命葛从周为兖州泰宁军留后、朱友裕为郓州天平军留后、庞师古为徐州武宁军留后。
至此，朱温消灭了秦宗权、时溥、朱瑄、朱瑾，得到了郓、齐、曹、棣、兖、沂、密、徐、宿、陈、许、郑、滑、濮等十四州。只有驻守青州的王师范还未被攻占，朱温在中原的霸主地位确立。
5、而朱瑾得知兖州献城投降后，与史俨、李承嗣等带领军士到达管辖的沂州（临沂市），但沂州刺史尹处宾不敢开城门，朱瑾等人继续退守海州（连云港市）。。
在汴州军的进逼下，朱瑾带着海州百姓渡过淮河投奔淮南节度使杨行密。杨行密大喜过望，亲自前往高邮县迎接朱瑾、李承嗣、史俨。
当时，河东的李克用得知后，派遣使者走小道去见杨行密，请他允许李承嗣、史俨返回晋阳。杨行密口头答应放他们回去，并与李克用修好，共同对抗朱温。