唐朝的诱降阴谋虽未得逞，但起义军内部却分裂了，领导人起内讧了，还怎么在一起指挥啊，不如分家算了。
王仙芝与尚君长（尚让的兄弟）率三千余人继续转战湖北，黄巢带领两千余人北上，两位首领分道扬镳。
877年正月，王仙芝率军在南方攻陷了湖北的大城市鄂州(武昌)。而黄巢也不甘示弱，率军在北方攻陷山东的郓州，竟然还杀死天平军节度使薛崇，接着又再次攻陷沂州。
天平军节度使的治所在郓州，薛崇从875—877年担任节度使，正好是王仙芝起义的时间，薛崇是一位文臣，史料对于薛崇其人的记载很少。作为一名节度使，一般不太容易被杀死的，估计他对农民军的快速作战能力估计不足，也或许是作为文臣主官，不愿意溜之大吉，想保持忠义之名。
山东是朝廷的重兵所在地，黄巢可不敢掉以轻心，弄不好就会损兵折将啊。他想起来了在嵖岈山还有一支起义军在那里住着呢，于是，黄巢就自颍州（阜阳颍州区）、蔡州（新蔡县一带）向西，在嵖岈山与尚让会合了。
这会合后，黄巢的实力有所壮大了，毕竟在北方的环境才更适合他啊，继续招兵买马。
可王仙芝在南方就没那么幸运了，孤军南下，难以立足，也没有当地的帮手，手下人总是想杀回去，王仙芝只好再度率军回师北上。王仙芝、黄巢二人吵是吵闹是闹，可关键时候那还得做兄弟啊，谁也离不了谁，他们又合兵一处。
七月，王仙芝、黄巢合兵进攻宋州（商丘市），唐朝的平卢、宣武、忠武三道兵马都赶来交战，但官军还是战败，增援的兵马其实还是不够多，原招讨使宋威也被围困于宋州城内。
朝廷又派出右威卫上将军、颍州刺史张自勉，率领七千名忠武镇的军士来救援宋州，这个张自勉倒很卖力，也很有军事才能，他真打败了起义军，起义军二千余人被杀，被迫从宋州撤走。
张自勉虽然打了胜仗，但宰相王铎、卢携向皇上建言，企图让张自勉接受宋威的管辖。
另一宰相郑畋却说：“宋威与张自勉本来就不和，互相有怨言，如果张自勉服从于宋威，必将被宋威找借口杀害。宋威毫无军事指挥才能，屡次被草贼打败，此次如果不是张自勉在崔安潜的忠武军帮助下前来解救，宋州城就被攻破了，请陛下罢免宋威招讨使之职，解除兵权。”
王铎、卢携毫不相让，二人共同在唐僖宗面前指责郑畋，请求罢免郑畋的宰相职务。郑畋一气之下，要回四川老家养病。唐僖宗见两方互不相让，就折中一下做一回和事佬，全部不批准。
宋州兵败后，起义军再次分兵，这合在一起说不定哪天被一锅端啦，还是分头进军吧。当然，也许又是意见不合才分兵，现在无法得知。
九月，王仙芝率原班人马再度南下，尚让跟随王仙芝转战南方。这支农民军攻陷安州（湖北安陆县），又攻陷随州，这里的官军好像不经打，还擒获随州刺史崔休征。离随州最近的是山南东道节度使李福，这里也称襄州节度使，李福可不想自己的地盘丢失，就派遣儿子李小福率兵救随州。但不幸的是，他的儿子不经打，在阵前战死了。
李福想为儿子报仇，上奏朝廷请求援兵，朝廷倒是派兵了，令左武卫大将军李昌言率领陕西凤翔的五百骑兵前来。王仙芝擅长游击战术，得知官军有援兵，又转兵向南，攻打郢州（钟祥县）、复州（天门县）。
襄州的治所在今湖北襄阳，襄阳古城是兵家必争之地，也是中国历史上最著名的古城建筑防御体系之一，自古有“铁打的襄阳”“华夏第一城”的说法。襄阳古城共有六座城门，即西成门、文昌门、震华门、临汉门、拱宸门、阳春门。
此时的唐朝廷为了保护襄阳，也派援军前来，忠武军大将张贯率四千人与宣武军一起增援襄州，但张贯却害怕农民军的威名，从小道经过申州、蔡州逃归原籍。唐僖宗大怒，立即给忠武节度使崔安潜、宣武节度使穆仁裕下诏书，要求他们约谈张贯等人，督促其再次赶赴襄州救援。
黄巢这次分兵后没有留在北方，也率军南下，进入湖北的东部，先攻打蕲州（黄冈市蕲春县）、黄州。曾元裕的官军还在这里，此前他屯兵不打，招讨副使的官职也被张自勉抢走了，这次他不敢再躲在军营里看别人打仗了。
曾元裕的兵力不弱，与黄巢的这一仗，官兵打赢了，起义军被斩首四千级。黄巢南下遭遇了重大挫折，手下的兄弟们都抱怨不该来南方，由于作战失利，黄巢也不知道南方哪里能生存下去。大家一商量，觉得还是老家好，南方不是自己的根基，无奈又率军向北返回中原。
黄巢北上，一路从湖北杀向河南，其实是连打带逃啊。转眼到了这年（877年）十一月，他找准时机攻先陷了匡城县（新乡市的封丘县与长垣县一带），随后又攻陷濮州。唐僖宗又想起了颖州刺史张自勉，让他率军队前往堵截。
这时候要提到一个人，家住宋州（商丘市睢阳）的朱温，他在这一年投入黄巢军中，他的哥哥朱存也加入了起义军。朱温在家乡的时候不喜欢劳动，以勇猛自居，总想展示自己的强势，但乡里人多数对他这样游手好闲的人很反感。
但朱温这样的人加入军队后，特别是在战乱年代，他的弱点反而变成了长处。自古战乱出英雄，时势造英雄，朱温在军中倒是作战勇猛，敢于冲锋在前，因此很快就做了小对长。每次攻入州县城记攻劳的时候，朱温杀的人和获得的战利品都是名列前茅，黄巢一直对他刮目相看。朱温也因此不断的升职，慢慢地从偏将、牙将、副将或裨将。